Приоретизация скайпа достаточно сложная штука, т.к. его трафик сложно отследить. Он использует 80 и 443 порты + UDP, можно в простейшем случаи попробовать маркировать трафик по порту UDP, например у меня skype слушает 38875. А вообще самый правильный выриант это определение трафика на L7 - ну тут нужно правильно подобрать регулярные выражения.
Нашел вот такое, это поможет? /ip firewall layer7-protocol add name=skypenack regexp="[\\\\|\\xd5]" /ip firewall mangle add action=add-src-to-address-list address-list=skype address-list-timeout=1h \ chain=forward layer7-protocol=skypenack packet-size=39 protocol=udp add action=mark-connection chain=forward connection-rate=0-50k \ new-connection-mark=conn_skype passthrough=yes protocol=udp \ src-address-list=skype add action=mark-connection chain=forward connection-rate=0-50k \ dst-address-list=skype new-connection-mark=conn_skype passthrough=yes \ protocol=udp add action=mark-packet chain=forward connection-mark=conn_skype \ new-packet-mark=skype passthrough=no /queue tree add max-limit=6M name=skpehits packet-mark=skype parent=global queue=default